디지털 드로잉에서 페인트 툴을 사용하면 선택한 영역의 색을 한 번에 채울 수 있다. 클립 스튜디오에서는 채우기(G)를 사용하면 되는데 옵션 설정에 따라 선택 영역만 칠할 지, 주변 영역도 칠할 지 달라진다.

예를 들어 위 배경에서 네모 안의 작은 풀숲에만 연두색 채우기를 시도한 건데 의도와는 다르게 그 윗부분까지 색깔이 칠해졌다.

그 이유라면 채우기 툴의 특성상 선을 이은 곳에 끊어진 부분이 있으면 색깔이 튀어 나오기 때문이다. 풀숲 위쪽을 보면 선 연결이 안 된 곳이 두 군데나 있는 것이 보일 것이다.
만약 선이 끊어진 곳을 무시하고 원하는 영역만 색을 채우려면 ‘틈 닫기’ 옵션을 체크하면 된다. 메뉴 이름 오른쪽의 ■는 선과 선 사이의 끊어진 틈의 크기를 나타낸다. 따라서 ■를 많이 채울수록 작은 끊어짐은 무시할 수 있다. 위 배경에서는 네모를 3개 이상으로 설정했더니 풀숲만 잘 채색된 모습이다.
또한 틈 닫기 아래의 ‘영역 확대/축소’ 수치를 추가하면 채우기 범위를 확대/축소할 수 있다. 어떤 영역에 색을 넣었는데 펜선과의 경계선에 미세한 빈틈이 생길 때가 있다. 그러면 색이 덜 칠해진 것 같이 보일 때가 있는데 이때 수치를 올리면 색 영역을 확장할 수 있다.
* 틈 닫기와 영역 확대/축소는 자동 선택(W)에도 같은 옵션이 있다. 따라서 해당 설정을 먼저 하고 원하는 영역을 선택한 다음 채우기(G)를 진행해도 된다.

다만 평소 확대 숫자를 너무 올려두면 나중에 원하지 않는 곳에 색이 칠해지기도 한다. 위 장면에서 검은 잉크를 채운 곳이 있는데 컷 선의 영역까지 색이 번져 나간 것이 보인다. 확대 숫자를 보니 10으로 되어 있었는데 숫자를 좀 더 낮추면 해결되는 것 같다.
참고로 웹툰 작업 중 컷 선은 컷 테두리(U) 기능을 쓰면 편하게 작업할 수 있다. 컷 영역 밖으로 선이나 색이 튀어나가지 않아서 좋기는 한데 개인적으로 선호하지는 않아서 그냥 직사각형으로 컷을 그린 다음, 원고를 완성하고 컷 영역 밖을 선택해서 불필요한 부분을 지우고 있다. (자동 선택(W))